Pagero propose une authentification à deux facteurs facultative à tous les clients de Pagero Online. L’authentification à deux facteurs fournit un niveau de sécurité supplémentaire aux comptes utilisateur. Lorsque l’authentification à deux facteurs est activée, les utilisateurs saisissent d’abord leur nom d’utilisateur et leur mot de passe. Un lien de confirmation sera alors envoyé à l’adresse e-mail de l’utilisateur. Ce n’est qu’après avoir cliqué sur le lien de confirmation que l’utilisateur sera authentifié et pourra se connecter à Pagero Online.